Sequence Alignment : A Comprehensive Overview

Sequence Alignment হলো বায়োইনফরম্যাটিক্সের একটি মৌলিক পদ্ধতি যা DNA, RNA বা প্রোটিন সিকোয়েন্সের মধ্যে তুলনা করে। Sequence Alignment হলো Biological সিকোয়েন্স (যেমন DNA, RNA বা প্রোটিনের অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স) বা অন্য কোনো স্ট্রিং-এর মধ্যে মিল বা পার্থক্য খুঁজে বের করার জন্য দুটি বা ততোধিক সিকোয়েন্সকে একটি নির্দিষ্ট নিয়মে পাশাপাশি সাজানো। এই প্রক্রিয়ায় Gap (ফাঁকা স্থান) বা Mismatch (অমিল) যোগ করে সিকোয়েন্সগুলোর মধ্যে সর্বোচ্চ সাদৃশ্য বা বিবর্তনীয় সম্পর্ক নির্ণয় করা হয়।

Types of Sequence Alignment :

(a) Pairwise Alignment

• • দুটি সিকোয়েন্স তুলনা করা হয়।

• • উদাহরণ: Needleman-Wunsch (Global Alignment), Smith-Waterman (Local Alignment).

(b) Multiple Sequence Alignment (MSA)

• • তিন বা ততোধিক সিকোয়েন্স অ্যালাইন করা হয়।

• • টুলস : Clustal Omega, MUSCLE, MAFFT।

Methods of Alignment :

a.  গ্লোবাল অ্যালাইনমেন্ট (Global Alignment): সম্পূর্ণ সিকোয়েন্স জুড়ে অ্যালাইনমেন্ট করা হয় (উদা: Needleman-Wunsch অ্যালগরিদম)।

b. লোকাল অ্যালাইনমেন্ট (Local Alignment): শুধুমাত্র মিল আছে এমন অংশবিশেষ অ্যালাইনমেন্ট করা হয় (উদা: Smith-Waterman অ্যালগরিদম)।

c. Semi-Global Alignment

• • একটি সিকোয়েন্স যখন অন্যটির সাবস্ট্রিং (যেমন জিন বনাম জিনোম)